আরো খারাপ হল রাজ্য সরকার ও রাজ্যপাল জগদীপ ধনখড়ের মধ্যে সম্পর্ক। এদিন রাজ্যপালের বিরুদ্ধে দিল্লি ও কলকাতা, দুই জায়গাতেই প্রতিবাদ করল তৃণমূল কংগ্রেস। বিধানসভায় রাজ্যপালের বিরুদ্ধে প্রতিবাদ করেন তৃণমূল বিধায়করা। রাজ্যসভায় রাজ্যপালের অসহযোগিতার বিষয়টি তুলে ধরেন তৃণমূল সাংসদরা। কিন্তু আলোচনা করতে দেননি চেয়ারম্যান। প্রতিবাদে ওয়াকআউট করে তৃণমূল কংগ্রেস।
শাসক দলের অভিযোগ রাজ্যপালের অনুমতি না পাওয়ায় গত সপ্তাহে দুদিন অধিবশেন মুলতুবি ছিল। বিলে সম্মতি না দেওয়ার জন্য রাজ্যপালের সমালোচনা করেন তৃণমূল বিধায়কেরা। তাঁর অপসারণেরও দাবি তোলেন তাঁরা। রাজ্যপালের দাবি যে তিনি যে বিষয়গুলি সম্বন্ধে জানতে চেয়েছেন তার কোনও উত্তর মেলেনি। অন্যদিকে পার্থ চট্টোপাধ্যায় জানিয়েছেন যে রাজ্যপালের সমস্ত প্রশ্নের উত্তর তাঁরা দিয়ে দিয়েছেন।
মন্ত্রী তাপস রায় বলেন তপশিলী জাতি-উপজাতি সংরক্ষণ বিল রাজ্যপালের কাছে আটকে আছে। পরে এই বিল সংক্রান্ত একটি চিঠি রাজ্যপালের অফিস থেকে মুখ্যমন্ত্রীর কাছে পাঠানো হয়।
এই বিষয়টি রাজ্যসভা ও লোকসভায় উল্লেখ করা হয় তৃণমূলের তরফ থেকে। লোকসভায় সৌগত রায় ও রাজ্যসভায় ডেরেক রাজ্যপাল অসহযোগিতা করছেন, এই অভিযোগ করেন। কিন্তু আগের থেকে নোটিস না দিয়ে প্রসঙ্গ উত্থাপন করায় ডেরেকের কথা শুনতে রাজি হননি চেয়ারম্যান নাইডু। প্রতিবাদে বেরিয়ে যান তৃণমূল সাংসদরা। ধনখড় ইস্যুতে যে তৃণমূল ব্যাকফুটে খেলবে না, এদিন সংসদে বিষয়টি তুলে বুঝিয়ে দিল দল।