গুজরাট সরকার গঠিত বিশেষ তদন্ত দল অভিযোগ করল যে ২০০২ সালে তৎকালীন রাজ্য সরকারকে অস্থিতিশীল করতে কংগ্রেসের শীর্ষ নেতার থেকে টাকা নিয়েছিলেন তিস্তা শীতলবাদ। এসআইটি-র দাবি, গোধরায় ট্রেনে আগুন দেওয়ার ঘটনার পরেই সমাজকর্মী তিস্তা শীতলবাদ রাজ্যের নির্বাচিত সরকারকে অস্থিতিশীল করার জন্য একটি বৃহত্তর ষড়যন্ত্র করেন। তিনি একজন শীর্ষ স্থানীয় রাজনৈতিক নেতার কাছ থেকে আর্থিক সহায়তা পেয়েছিলেন বলে দাবি করা হয়েছে তদন্তকারীদের তরফে। সিটি সিভিল দায়রা আদালতে দায়ের করা হলফনামায় এসআইটি এই কথা জানিয়েছে। পাশাপাশি শীতলাবাদের জামিনের আর্জি খারিজ করার আবেদন জানিয়েছে এসআইটি।
হলফনামায় এসআইটি-র তরফে বলা হয়েছে, ‘দুই সাক্ষীর জবানবন্দি প্রমাণ করে যে শীতলবাদ অন্যান্য অভিযুক্ত ব্যক্তিদের সঙ্গে ষড়যন্ত্র করেছিলেন। রাজ্যসভার তৎকালীন সংসদ সদস্য তথা ভারতীয় জাতীয় কংগ্রেসের সভাপতির রাজনৈতিক উপদেষ্টা প্রয়াত আহমেদ প্যাটেলের নির্দেশে এই ষড়যন্ত্র হয়েছিল।’ উল্লেখ্য, সেই সময় গুজরাটের মুখ্যমন্ত্রী ছিলেন নরেন্দ্র মোদী। এসআইটি দাবি করেছে যে গোধরা কাণ্ডের কয়েকদিন পরই কংগ্রেস নেতা আহমেদ প্যাটেলের সঙ্গে বৈঠকে বসেছিলেন তিস্তা। সেই সময় তিনি ৫ লাখ টাকা নিয়েছিলেন কংগ্রেস নেতার থেকে। এই বৈঠকের দুই দিন পরই দু’জনে আবারও মিলিত হন। এবার বৈঠকটি হয় শাহিবাগের সরকারি সার্কিট হাউজে। সেখানেই আরও ২৫ লাখ টাকা তিস্তাকে দেন আহমেদ প্যাটেল। এই নগদ অর্থ কোনও সাহায্যার্থে ছিল না।
এর আগে গুজরাতে গুলবার্গ হত্যাকাণ্ডে সিটের তদন্তে মোদীকে ক্লিনচিট দেয় সুপ্রিম কোর্ট। এই রায় ঘোষণার পরপরই তিস্তাকে আটক করে গুজরাট এটিএস৷ অপরাধ দমন শাখার আধিকারিক ডিবি প্রসাদ তাঁর বিরুদ্ধে এফআইআর দায়ের করেন। তাঁর বিরুদ্ধে ভুল তথ্য ও নথি তৈরির ষড়যন্ত্র, সাক্ষীদের প্রভাবিত করা এবং ভুয়ো প্রমাণ দিয়ে আইনি পদ্ধতির অবমাননা-সহ বেশ কিছু অভিযোগ আনা হয়েছে।